山口を連想したモチーフに、山理大の文字を組み合わせ山陽小野田市の花「ツツジ」をあしらいました。また、細かな花のシルエットは本学の歴史・伝統をイメージしています。東京理科大学(藍)より本学(青)が出でたことを故事(出藍の誉れ)になぞらえ、青色を基調色に用いました。

「山口から始まる更に新しい科学」を図案化したものです。ロゴカラーは本学のスクールカラーである橙色としました。エネルギーに満ち溢れた色であると同時に、県に馴染みの深い色を採用することで、地域性を表します。ロゴマークは、科学(理科)を表すSCIENCEの頭文字、そして山陽小野田市の頭文字S、2つの「S」が寄り添ったものです。この2つが混ざりあい、よりよい発展をしていくことを表します。また、この形は真円を解く形であり、包み込む形でもあります。科学を基礎とした、よりよい未来を創る人材を山口で育んでいく。ここからまた新たに進んでいく山陽小野田市立山口東京理科大学を示したマークです。